Emmanuelle Guigues a étudié la Viole de Gambe auprès de Jordi Savall, Paolo Pandolfo et Christophe Coin. Elle se produit et enregistre au sein de nombreuses et diverses formations. Soucieuse de garder une relation vivante avec son art et son instrument, elle s’implique dans la création contemporaine pour viole de gambe. Sa recherche l’entraîne également du côté de la musique traditionnelle, dans le registre particulier du Kamansheh caucasien auquel l’a initiée Gaguik Mouradian. C’est avant tout un timbre, mais aussi l’immédiateté de la prise de parole qui l’interpellent précisément dans ce répertoire.
Elle voyage avec bonheur partout où ses instruments l’emmènent (Ethiopie, Syrie, Iran, Inde, Roumanie, Brésil…) et elle cultive volontiers les rencontres avec d’autres formes d’expression comme le théâtre ou encore la danse. Elle a enregistré en soliste trois disques : les Sonates de Bach pour viole et clavecin (Choc du Monde de la musique), les Pièces de viole de François Couperin, ainsi qu’un opus consacré à Carl Philipp Emanuel Bach, en compagnie du pianofortiste Daniel Isoir. Elle enseigne la Viole de Gambe à l’Ecole Nationale de Musique de Villeurbanne ainsi qu’au CRR de Versailles et continue sans cesse d’apprendre auprès de ses étudiants.